Opgaver med afstandsmatricer

En afstandsmatrice er et skema, som viser antallet af forskelle mellem basesekvenser, der findes samme sted i genomet hos forskellige populationer eller arter. Afstandsmatricer giver derfor et overblik over, hvor nært beslægtede forskellige arter eller populationer er.

Du skal typisk enten udfylde en afstandsmatrice eller analysere en afstandsmatrice i eksamensopgaver. Afstandsmatricer indgår i opgaver om slægtskabsanalyser og fylogenetiske stamtræer. Læs mere om slægtskabsanalyser og fylogenetiske træer i vores kompendium om bioinformatik.

Sådan er afstandsmatricen opbygget

Opgaver med afstandsmatricer indeholder basesekvenser fra en række populationer/arter og en afstandsmatrice, som er helt eller delvist udfyldt. Det kan eksempelvis se således ud:

Art 1      AGGCTGCAGCGTGGTTTGATG

Art 2      AGGCTGCAGCCCGGTTTGATG

Art 3      AAGCTGCAGCGCGGTGTGATG

 

Art 1

Art 2

Art 3

Art 1

-

-

-

Art 2

2

-

-

Art 3

3

3

-

Hvert tal i afstandsmatricen angiver, hvor mange forskelle der er mellem to arters basesekvenser. Eksempelvis giver sammenligningen af art 1 og art 3 tallet 3, fordi der i basesekvenserne er tre pladser, hvor der optræder forskellige baser hos de to arter:

Art 1      AGGCTGCAGCGTGGTTTGATG

Art 3      AAGCTGCAGCGCGGTGTGATG

Du kan altså udfylde en afstandsmatrice ved at sammenligne alle basesekvenser i opgaven parvis. Afstandsmatricen fortæller dermed, hvor tæt arterne parvis er beslægtet.

Tæl og marker antallet af forskelle

Hvis du tæller antallet af forskelle mellem to basesekvenser, kan det være en hjælp at markere hve...

Teksten herover er kun et uddrag. Køb medlemskab for at læse den fulde tekst.

Få adgang til hele Webbogen.

Som medlem på Studienet.dk får du adgang til alt indhold.

Køb medlemskab nu

Allerede medlem? Log ind