Bio­informatik

Biologi A + Biotek A.

Hvad er bioinformatik?

Bioinformatik handler om at studere genetiske data i store databaser. Databaserne indeholder DNA-sekvenser fra mange forskellige arter og mange forskellige populationer af den samme art.

Du skal arbejde med bioinformatik i to sammenhænge:

1. Slægtskabsanalyse

Slægtskabsanalyse involverer, at man sammenligner DNA-sekvenser fra forskellige arter/populationer og vurderer deres slægtskab. Analysen indebærer typisk, at man opstiller enten et fylogenetisk træ eller et alignment. Læs om metoderne i afsnittet om slægtskabsanalyse.

2. Biodiversitetsundersøgelser

DNA-prøver indsamlet i et økosystem kan sammenlignes med DNA-sekvenser i genetiske databaser. Man kan på den måde bestemme, hvilke arter der lever i økosystemet. Læs om denne metode i afsnittet om biodiversitetsundersøgelser.

Kompendiets indhold

  1. Noter
  2. Slægtskabsanalyse
  3. Biodiversitetsundersøgelser
  4. Opgaver om slægtskabsanalyse

Her kan du se et uddrag af kompendiets tekst om, hvordan man vælger en DNA-sekvens til sin slægtskabsanalyse:

Hvis man vil bestemme slægtskabet mellem forskellige arter, ser man på DNA med en lavere mutationsrate. Forskellige arter har været adskilt fra hinanden i det fylogenetiske træ i længere tid end populationer af samme art, og arterne har haft længere tid til at ophobe forskellige mutationer i deres arvemateriale. Hvis man sammenligner et gen med en høj mutationsrate på tværs af forskellige arter, er basesammensætningen måske for forskellig til at sige noget om arternes slægtskab.

Man sammenligner derfor normalt exons hos de forskellige arter – dvs. DNA-sekvenser, der koder for protein. Exons har en lavere mutationsrate end introns, fordi mutationer i exons ofte er en ulempe for organismen. Exons' mutationsrater varierer dog meget. Det skyldes, at nogle proteiner er helt essentielle for individers overlevelse, mens andre proteiner i højere grad kan variere.

Hos fjernt beslægtede arter kan man evt. sammenligne gener for livsnødvendige proteiner. Disse gener har en meget lav mutationsrate, fordi mutationer i disse gener næsten altid betyder, at organismen ikke kan overleve.

Hele genomer: en moderne metode

Man kan i dag meget hurtigere kortlægge hele genomet (dvs. alt DNA'et) for en organisme, end...

Teksten herover er kun et uddrag. Køb medlemskab for at læse den fulde tekst.

Få adgang til hele Webbogen.

Som medlem på Studienet.dk får du adgang til alt indhold.

Køb medlemskab nu

Allerede medlem? Log ind

Bioinformatik

[1]
Bedømmelser
  • 28-04-2020
    Meget brugbart